本学科共开设农业有害生物综合防控和农业资源开发与利用两个方向，每个方向均拥有雄厚基础。农业有害生物综合防控方向重点围绕农作物及植物资源抗病性状发掘与应用、病虫害综合防控、资源昆虫的保护与利用、生物源新型农药研发与应用、生物安全评价与管理等领域开展研究。农业资源开发与利用方向重点围绕农业中农业资源高效利用、农产品质量安全控制、农业环境监测评价与污染治理领域开展研究。学科建设立足我国当前化肥、农药减施增效的战略需求，及云南省优势特色农产品质量安全及生态环境安全，聚焦云南主要粮食作物、大田经济作物、蔬菜、果树绿色种植中两减增效的重大任务，颇具特色。